防治小麦根腐病，应选择抗病的品种，加强栽培管理，合理施肥，正确浇水。在播种之前，使用药剂拌种或用药剂浸种，在重病年及时喷药保护。在发病初期及时喷药，可用50%扑海因或50%菌核净、50%福美双或75%代森锰锌、5%三唑酮、25%敌力脱，及时控制病情。