1、浓缩胶的作用：浓缩胶有堆积作用。带电荷的蛋白质或核酸离子在大孔径胶中移动时阻力小，移动速度快，当接近小孔径的分离胶时，遇到的阻力大，移动速度减慢而使样品浓缩，形成一条狭窄区带，以减少电泳过程中的谱带扩散。

2、分离胶的作用：蛋白质或核酸在电泳过程中由浓缩胶进入分离胶，由于分子筛作用，小分子的物质容易通过，阻力小，迁移速度快；大分子的则受到较大的阻力而被滞后。