预防洋葱小菌核病应从种植工作着手，如深耕土地，实行轮作，生长中平衡施肥，并控制氮肥的用量。发病初期使用多硫悬浮剂或甲基硫菌灵可湿性粉剂等农药进行喷防，连续用药2至3次。