在香菇淡季栽培中，由于生产条件调控不力，常产生畸形蘑菇，影响香菇商品品质，降低生产效率。畸形蘑菇的主要特点及防治措施如下。
小而薄的菌盖
菌盖薄而小，即使蘑菇太老而不能生长，新鲜食用时也没有香菇特有的风味；第一个原因是变色不彻底，使用花或白蘑菇袋时产生蘑菇；二是基质营养明显不足；三是生长温度较高。防治措施：如无变色袋，必须调整和控制变色条件；如果基质营养不足，可在浸泡蘑菇袋时适当补充，或采用“蘑菇面施肥”的方法，如喷洒食用菌立体营养素，可有效增厚菌帽厚度；夏季气温较高，应采取有效的降温措施，如在蘑菇棚壁上喷水降温。
帽灯罩形状
帽灯罩形状锐利，且明显变薄，商品质量严重降低。主要原因同上，以上方法可用于防治。
菌盖波状
菌盖边缘呈规则波状，明显变薄变脆。形成波浪状的主要原因是，小蘑菇在发育阶段受到了较大的温差，环境的湿度也发生了很大的变化，特别是将水直接喷在菌盖上，使菌盖组织发育异常。防治方法是在蘑菇芽发生后保持稳定的温湿度，特别是在夏季反季节栽培时，蘑菇棚的温度往往是子实体正常发育的基本条件。
不规则菌盖
菌盖长而窄或呈三角形，这是主要特征。主要原因是幼芽期没有及时切割塑料薄膜，使瓶盖直接靠在塑料薄膜上接受一定的摩擦，或是蘑菇芽发生较多，没有及时进行芽变处理，直到幼芽期，瓶盖分化挤在一起，只要把这顶小帽子压住，它就再也长不圆了。防治措施：及时切膜，疏芽。一般只选一两个幼芽。
空心柄
柄细长中空，导致帽小，主要是由于基材含水率低，空间湿度小。防治措施：每次收获后，袋内应浸泡24小时，恢复原来的重量；保持空气湿度在85%以上。
叶柄从裂缝中长出来
当袋的含水量过低时，基料就会开裂，形成一条又长又窄的裂缝，子实体就会从裂缝中长出来。有的甚至钻不完，瓶盖就会在缝隙中长大，最终其商业价值也无法实现。预防方法是坚持细菌袋浸泡处理，以免形成裂缝。
菌柄变形
蘑菇棚空气湿度低、光线强或光线角度变化太频繁时，易发生菌柄变形现象。预防的方法是保持相对稳定的空气湿度和相对稳定的光线，一般要求有1000勒克斯的散射光。
烛菇
烛菇的特点是在裸露的菌柄上没有正常的菌盖组织，看起来像蜡烛。其原因是：一是蘑菇芽期菌盖组织受损；其次，温室里的二氧化碳浓度过高。预防措施：及时切膜；疏花时注意不要伤芽；保持良好的通风，保持棚内空气新鲜。
