水稻发生褐变穗要及时防治处理，及时喷药，可用施保克200毫升/公顷，发病早的喷药三次，7月下旬到8月初水稻抽穗到齐穗期要用药两次，一般是上午喷洒，减少病原菌繁殖。此外，栽培的时候就要选抗病能力强的品种，要注意废水的管理。正确合理的增施基肥，磷钾肥，少施加氮肥。