回答菌肥中的菌种种类较多，主要包括真菌、细菌、放线菌3大类，常见的菌种有枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、菌根真菌、酵母菌群、群黑曲霉等。不同的菌种作用也不同，如枯草芽孢杆菌能增加作物的抗逆性和固氮，酵母菌群能促进根系的生长以及细胞分裂的活性化物质。