1、技术原理不同，公交手机扫码支付是利用二维码远程访问支付系统，并提交支付指令的支付方式。而常用公交一卡通是一种非接触式的IC卡，与读写器之间通过无线电波完成读写工作。

2、支付载体不同，公交手机扫码支付基于互联网技术，把传统实体公交卡支付载体进行虚拟化升级，并加载进手机支付软件（支付宝、微信支付等），从而将手机“变身”交通卡，用户乘坐公交，无需再刷、投币或者准备零钱，直接刷支付宝“公交码”就可上车。