个人所得税汇算清缴由自然人在个人所得税APP上进行实名认证，然后由自然人自行进行申报，如果企业需要给员工做汇算清缴的，需要员工签署对应的协议，企业可以使用法人、财务负责人、有办税权限的人员（如办税员）的个税APP扫码或输入账号密码登录自然人电子税务局网页版进行集中申报。