本质上的区别：带有反渗透功能的净水器采用食品级的顶级滤材，且核心滤芯反渗透膜过滤精度达0.0001微米，可以去除重金属离子、细菌、水垢、农药残留等有害物质，过滤后制出的水安全健康，纯净水是从地下深处自然涌出的或者是经人工揭露的、未受污染的地下矿水；含有一定量的矿物盐、微量元素或二氧化碳气体。

口感上的区别：净水器不仅对自来水污染比较严重的地区适用，也能过滤到常规自来水中的余氯及其他杂质，同时拥有后置活性炭滤芯的净水器可以改善用水口感。纯净水经矿泉水厂的深井泵汲取到水处理设备中，再经灌装和运输，水温已经变化，钙开始析出。如果再经加热或冷藏，钙的析出增加，会看到白色沉淀物。