扬子鳄在水生生态系统。扬子鳄喜静，白天常隐居在洞穴中，夜间外出觅食。不过有时也在白天出来活动，尤其是喜欢在洞穴附近的岸边、沙滩上晒太阳。常紧闭双眼，爬伏不动处于半睡眠状态，给人们以行动迟钝的假象。一旦遇到敌害或发现食物时，就会立即将粗大的尾巴用力左右甩动，迅速沉入水底躲避敌害或追捕食物。