NTFS与FAT是两种不同的磁盘文件系统格式，就像两个不同的图书馆，他们书架的摆放，尺寸各不相同，管理方式也各不相同。
1、支持分区大小不一样
NTFS可以支持的分区（如果采用动态磁盘则称为卷）大小可以达到2TB（2048GB），而Windows 2000中的FAT32支持分区的大小最大为32GB。
2、针对电脑用户的加密方式不一样
可以针对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。此外，在磁盘分区下任意文件夹或文件上右键属性，在高级属性窗口中勾选中加密内容以便保护数据即可做到加密。
FAT32文件安全设置：不支持；NTFS文件安全设置：支持。
3、对于磁盘的空间利用率不一样
在一台电脑有多个用户使用时，而作为系统管理员，可以给用户设置不同的磁盘空间容量，被设置用户只能使用这个被限额的磁盘空间。
在Windows2000的FAT32文件系统的情况下，分区大小在2GB到8GB时簇的大小为4KB；分区大小在8GB到16GB时簇的大小为8KB；分区大小在16GB到32GB时，簇的大小则达到了16KB。
而Win 2000的NTFS文件系统，当分区的大小在2GB以下时，簇的大小都比相应的FAT32簇小；当分区的大小在2GB以上时（2G到2TB），簇的大小都为4KB。
相比之下，NTFS可以比FAT更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费。
