公司车违章扣分的处理方法：驾驶车辆违章人带上车辆的行驶证、自己的驾驶证和身份证到车管所的违章窗口领号排队；提交相关资料并签认处罚决定书；最后在领到处罚决定书之日起的十五天内缴纳罚款即可。

如果公司车辆有多次违章，可以绑定多个驾驶证在网上处理。按照规定一辆车最多只能有三个驾驶证绑定，而一个驾驶证最多只能绑定三辆车。绑定可以在车管所当面办理，也能在交管12123APP上绑定。应该事先绑定好驾驶证和机动车，若是违章以后再绑定则无法处理。

交管12123APP处理违章的流程：

1、下载交管12123APP并登录。登录账号是身份证号，密码是当初在驾校时设定的，一般是身份证后六位。也可以通过手机验证修改密码。

2、在软件的主界面上选择【违法处理】，初次使用的要绑定机动车。然后查询机动车的违章情况。

3、选择需要进行交款的未处理违章，然后点击下方的处理并缴款。

4、选择缴款方式，然后点击去支付就可以了。