HPV疫苗的不良反应通常比较轻微，持续时间比较短。常见的不良反应主要是局部疼痛、红肿。九价疫苗的局部反应比四价更常见，可以说接种九价疫苗的大部分人都会有局部症状。常见的全身不良反应是发热，其次是头痛、恶心和疲劳。大部分人的不良反应症状持续不超过４~５ 天，也无需特殊治疗。而其他曾有报道的神经系统并发症、血管栓塞等严重不良反应等都未得到WHO的证实。

　　一些研究随访接种疫苗的人群8年，没有发现HPV疫苗存在长期不良反应。

　　青春期女性接种疫苗有发生晕厥的报道，因此接种疫苗后一定要静坐15分钟以上再离开接种点。如果接种后有过敏反应或者知道自己对疫苗当中某些成分过敏，应避免接种。

　　孕妇应该避免接种HPV疫苗，如果接种疫苗期间意外怀孕了，不需要终止妊娠，只要把尚未接种的剂次推迟到分娩后再接种就可以。目前数据资料未发现接种疫苗期间意外怀孕的女性有和疫苗相关的不良结局。