井冈霉素具有一定的杀菌作用。它能够防治桃树的缩叶病，苹果树的轮纹病、炭疽病、霉心病、斑点落叶病，梨树的轮纹病、黑斑病、炭疽病，草莓的灰霉病，柑橘的流胶病等多种疾病。用药的时候，可以根据所需治疗的疾病，将它与多菌灵、波尔多液等药物交替使用，这样能防止病菌产生抗药性。