根据国家财政部、教育部的相关文件精神，所有纳入招生计划的研究生都要缴纳学费，经江苏省物价主管部门核准，东南大学2023年硕士研究生学费标准如下：
| 硕士研究生 | ||||
| 类别 | 专业 | 学制 | 学费标准 | 单位 |
| 全日制学术学位 | 东南大学雷恩研究生学院各专业 | 3年 | 45000 | 元/生·年 |
| 其他专业 | 3年 | 8000 | 元/生·年 | |
| 全日制专业学位 | 会计硕士 | 3年 | 30000 | 元/生·年 |
| 东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院各专业 | 3年 | 62000 | 元/生·年 | |
| 示范性软件学院 | 3年 | 共40000 | 元/生 | |
| 其他专业 | 3年 | 10000 | 元/生·年 | |
| 非全日制专业学位 | 公共卫生硕士 | 3年 | 15000 | 元/生·年 |
| 法律硕士 | 3年 | 18000 | 元/生·年 | |
| 护理硕士 | ||||
| 公共管理硕士 | 3年 | 27000 | 元/生·年 | |
| 工程管理硕士 | 3年 | 30000 | 元/生·年 | |
| 会计硕士 | 3年 | 37000 | 元/生·年 | |
| 工商管理硕士MBA | 3年 | 共210000 | 元/生 | |
| 高级管理人员工商管理硕士EMBA | 3年 | 共290000 | 元/生 | |
