南京社保参保登记办理方式如下：

　　1.线下办理：用人单位递交材料→社会保险(医疗保险)经办机构审核→录入信息系统→盖章，返回办理结果。

　　2.线上办理：用人单位经省人社厅网上办事服务大厅—社会保险—用人单位用工参保登记模块办理。

　　注意事项：机关事业单位在职职工、宗教教职人员等人员经省人社厅网上办事服务大厅—社会保险—人员参保登记模块办理。

　　拓展阅读：南京用人单位和职工应如何缴纳社会保险费？

　　用人单位和职工应当按照缴费基数和比例按时足额缴纳社会保险费，职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴。用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。