1、两者应用的机型不同。麒麟9000E由Mate40搭载，Mate40 Pro、Mate40 Pro+而Mate40 RS保时捷版则搭载麒9000。

2、两者的NPU不相同。麒麟9000的NPU是采用双大核加微核NPU的构造。而麒麟9000e芯片的NPU则为一个大核加上一小核NPU的构造。

3、两者的GPU不同。GPU方面，麒麟9000是24核心Mali-G78，麒麟9000E是22核Mali-G78。