1、品牌所属情况上的区别。通常旗舰店是以自家本来就有的品牌来入驻商城的;但专营店指的是在大类商品下的品牌经营，同时又囊括了自营和别的品牌可以共同经营的特点。

2、从经营范围上来看，旗舰店是同一品牌、同一个一级类目下的所有产品，而专营店却没有明确规定。