蓝藻虽无叶绿体,但在电镜下可见细胞质中有很多光合膜,叫类囊体,各种光合色素均附于其上,光合作用过程在此进行。通常蓝藻可作为水体污染重的指示生物,比如泥生颤藻为污水的指示生物,而褐色管胞藻为清水指示生物。