1、原材料不同：黑色皮蛋是用鸭蛋腌制的，而黄色皮蛋，则多数是用鸡蛋腌制的。

2、腌制原料程度不同：在腌制的过程中，因鸭蛋比鸡蛋大个，粘到蛋身上的腌料也会有不同程度的厚薄之分，再加上每个人添加各种腌料的不同，就会出现黑色皮蛋和黄色皮蛋之分。

3、吃法略有不同：黑色皮蛋Q弹细嫩，这种皮蛋可以用来凉拌，又或者是做皮蛋瘦肉粥；黄色皮蛋比较适合用来凉拌、蘸醋或当点心和早餐吃。