卫生间小飞虫根治办法是，首先可以使用杀虫剂、蚊香、电蚊拍、柚子皮等等来消灭飞虫。其次要保持卫生间的干燥，因为潮湿的卫生间最容易招来飞虫，毕竟它们的生活习性就是喜欢待在潮湿的地方。最后要定期对卫生间进行消毒，消灭那些看不见的细菌，同时也要及时的清理垃圾，保持卫生间的通风以及使用开水、碱水等进行虫卵清除。