根据刑事诉讼法的规定刑事案件检察院不起诉不会有案底。

案底是犯罪记录，如果人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，检察院不起诉是不会有案底的。

如果当事人有犯罪行为，但是由于法定的情形，不需要追究其刑事责任的，检察院可以作出不予起诉的决定。