霉菌不止分为三种，最常见的有藻状菌纲的根霉、毛霉、犁头霉；子囊菌纲的红曲霉；半知菌类的曲霉、青霉等。按生活习性，可分为仓储性霉菌（曲霉菌和青霉菌）、田间霉菌（青霉菌属、麦角菌属和镰刀菌属）等。