黄龙沟四周高山上的冰雪融水和地表水不断流淌下来，渗入冰碛物中，在松散的石灰岩下部形成浅层潜流，并在流动过程中溶解了大量石灰岩的碳酸钙物质。随后，饱含碳酸钙质的潜水出露地表，形成无数小溪散流而下。这时因水温升高或压力降低，二氧化碳气体逸出，使溶解于水中的碳酸钙又结晶析出，淀积于植物的根茎、倒木或落地枯枝上，形成了碳酸钙围堤。