1、车站地址不同：商丘站是陇海线上的车停靠地点。商丘东站是京九线上的车停靠地点。

2、车站规模不同：商丘东站站房主体两层，建筑设地下通道和地上二层，站房上进下出。商丘站站房地上一层，地下二层。