黑玉米里面是黄的是因其籽粒角质层在不同程度地沉淀黑色素，使得外观乌黑发亮，而里面的玉米并未受到沉淀，因此依旧是黄色。黑玉米雌花花穗腋生，成熟后成谷穗，具粗大中轴，小穗成对纵列后发育成两排籽粒，籽粒可食。其籽粒、穗轴均为紫黑色。