蓝细菌在受氮、磷等元素污染后引起富营养化的海水“赤潮”和湖泊的“水花”，给渔业和养殖业带来严重危害。水花又称藻花、水华。是指水体中某些蓝藻类过度生长所产生的现象。主要优势种有束丝藻、微胞藻、鱼腥藻、空球藻或隐球藻等。在河流、湖泊及池沼等淡水域中发生的浮游生物异常增殖出现象称为水花。“赤潮”，是海洋生态系统中的一种异常现象。它是由海藻家族中的赤潮藻在特定环境条件下爆发性地增殖造成的。赤潮并不一定都是红色，主要包括淡水系统中的水华，海洋中的一般赤潮，近几年新定义的褐潮（抑食金球藻类），绿潮（浒苔类）等。