扬子鳄生活在水生生态系统中。水生生态系统是指水生生物群落与水环境构成的生态系统。水生生态系统在人类的生活环境中起着十分重要的作用。一方面，它在维持全球物质循环和水循环中具有重要的作用；另一方面，它还承担着水源地、动力源、交通运输、污染净化场所等功能。