水发集团有31个子公司。分别是：山东调水工程有限公司、水发天源集团有限公司水发众兴集团有限公司、水发环保集团有限公司、水发民生产业集团有限公司、水发建设集团有限公司、山东水利发展集团有限公司、水发产业发展集团有限公司、水发水务环境集团有限公司、水发智慧产业集团有限公司、水发生态产业集团有限公司、水发农业投资集团有限公司、水发技术集团有限公司、山东水投集团有限公司水发基金管理有限公司、水发能源集团有限公司、水发公用事业集团有限公司等。