电子油门的缺点是使车辆操作更加困难，车辆油耗增加，驾驶不便。

1.车辆操作变得更加困难:

手动挡车型加装电子油门后，油门变得更加灵敏。所以车辆起步或者换挡的时候，配合油会比较困难，可能会出现燃油不去或者车辆被噎死的情况。

2.车辆油耗增加:

因为油门更灵敏，所以车辆行驶时油耗会或多或少的增加。不过油耗增加不是特别严重，一般可以接受。

3.驾驶不便:

当汽车配备了电子油门后，汽车的驾驶风格变得更加激进，自动挡车型的降档也会更加主动。在一些复杂的路况或者雨雪天气下，激进风格的电子油门会不方便驾驶员驾驶，也会带来一些安全隐患。