1.油耗高，污染重。因为没有往复式发动机的高压缩比，燃烧无法充分。虽然马自达曾经在转子发动机上增加了单涡轮增压和双涡轮增压装置，只是增加了输出马力，适度降低了尾气排放，但与往复式发动机还是有很大差距。

2.零件磨损严重，使用寿命短。由于三角转子发动机的相邻燃烧室之间只有一个径向密封片，径向密封片始终与气缸体线接触，径向密封片与气缸体接触的位置始终在变化，所以三个燃烧室没有完全隔离，径向密封片磨损很快。发动机使用一段时间后，由于油封材料的磨损，容易造成漏气，大大增加油耗和污染。其独特的机械结构也使得这种发动机很难维护。

3.缺少一些标准。虽然转子发动机具有小排气量、高转速产生高输出的特点，但由于工作特性与往复式发动机的区别，世界各国在制定发动机排气量相关的税收规则时，都以转子发动机的实际排气量乘以二作为与往复式发动机的比较基准。比如日本马自达旗下的RX-8转子发动机跑车，虽然实际排气量只有1308立方厘米，但这是以日本2616立方厘米的排气量为基准的。