1、区别在于：木薯淀粉适用于需要精细调味的食品，而玉米淀粉适用于蔬菜增稠，用于西药。

2、木薯淀粉——又称菱粉、泰国生粉（因为泰国是世界上第三大木薯生产国，仅次于尼日利亚和巴西，在泰国一般用它做淀粉）。台湾地区从东南亚进口渐渐增多，所以台湾人原来叫土豆淀粉为太白粉，现在也笼统称木薯淀粉为太白粉了。它在加水遇热煮熟后会呈透明状，口感QQ的带有弹性。

3、木薯淀粉更适合做需要精调味道的食品，比如蛋糕布丁或西饼的馅料。它的粘性很高，可以做为增稠剂、粘结剂、膨化剂和稳定剂，同时木薯淀粉也是制作口香糖和果冻的原料。

4、玉米淀粉又叫玉米粉、粟米淀粉、粟粉、生粉, 还有的地方管它叫豆粉（这个的确少见），是从玉米粒中提炼出的淀粉——供应量最多的淀粉，但不如土豆淀粉性能好。香港地区叫生粉的主要是玉米淀粉。

5、玉米淀粉的纯度很高，家庭做菜可以用作挂浆勾芡，更多的是应用在医药方面，是制作葡萄糖的重要原料，而且在西药的片剂中是很重要的添加剂，很多药片成分中占很大比重都是玉米淀粉。