1、宣慰司是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构，一般掌管军民之事。它是中央机构。而宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关。由帝师兼领。对地方管辖的话，宣慰司更侧重。

2、宣慰司是对地方进行管理的。它是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构，一般掌管军民之事。它是中央机构。宣慰司长官官称宣慰使，是负有承上启下的一个地方区划的军政最高长官。