1、内容上的的区别：

回函是发一封信函给别人，随后别人给的回复的信函；只有这一种情况。

复函不仅同时有回函的含义，还包括某人发出一封信后，随后又补发了一封信给对方。

2、运用场合的区别：

复函，适用于答复不相隶属机关的业务问题或上级机关的办公部门、业务职能部门答复下级机关的请示事项时使用。这种函的针对性强，对方请求解决什么问题就回答什么问题，同时要求有一定的时效性。

3、而回函的运用场合相比较之下就显得宽松多了，用在不严肃的场合。可以用在亲友等关系亲密的情况下。