1、表达意思不同。在：存在、生存、精神永在；表示人或事物的位置，我在呢。再：表示又一次，比如：一而再，再而三；再继续，再出现。

2、词性不同。在：“在”是一个介词。再：“再”是一个副词。

3、用法不同。在：一般不单独使用，它必须跟在名词或名词类的词后构成介宾短语,然后充当句子的状语成分。再：示重复或第二次，一般是放在动词前做状态。比如,我们说“再见”,是说下一次见。