湾区大学拟按照“一校两区”的整体思路推进校园建设，大学计划在松山湖科学城和滨海湾新区同步建设两个校区。校园总占地约2350亩。

　　松山湖校区

　　位于松山湖科学城，占地约250亩。目前，松山湖科学城将与深圳光明科学城、港深落马洲河套地区联手打造粤港澳大湾区综合性国家科学中心先行启动区。

　　滨海湾校区

　　位于滨海湾新区威远岛，占地约2100亩。滨海湾新区位于粤港澳大湾区珠江口东岸和西岸交汇处，连接广州南沙自贸区、深圳大空港和前海自贸区，毗邻香港、澳门，是突出港澳协同、加强对接广深、强化市域联动的重要区域。

　　计划至2030年，湾区大学的招生规模达到10000生，远期预留5000生;本科生与研究生规模比例达1：1左右。其中，松山湖校区计划安排2000研究生;滨海湾校区计划安排8000本科和研究生(另远期预留5000生规模)。