结构化程序设计缺点有：

1、难以适应大型软件的设计：在大型多文件软件系统中，随着数据量的增大，由于数据与数据处理相对独立，程序变得越来越难以理解，文件之间的数据沟通也变得困难，还容易产生意想不到“副作用”。

2、程序可重用性差：结构化程序设计方法不具备建立“软件部件”的工具，即使是面对老问题，数据类型的变化或处理方法的改变都必将导致重新设计。这种额外开销与可重用性相左，称为“重复投入”。

这些由结构化程序设计的特点所导致的缺陷，其本身无法克服！而越来越多的大型程序设计又要求必须克服它们，这最终导致了“面向对象”设计方法的产生。